RNA実験トラブルシューティング

トラブル
　方法
　　・RNA抽出：高脂肪食負荷した皮下脂肪組織(通常法)
　　・逆転写：RNA 290ng使用(Transcriptor, 通常法)
　　・リアルタイムPCR：Rplp0測定(Light Cycler, 40 cycle)
　結果
　　・立ち上がりが遅く、検量線が引けず。

トラブルシューティング1
　方法
　　・逆転写：RNA 116ng使用(Transcriptor, 節約法)
　　・リアルタイムPCR：Rplp0測定(Light Cycler, 50 cycle)
　結果
　　・Ct値が35-38 cycle, 増幅効率74.3%
　結論
　　・逆転写の操作ミスが原因では無い。

トラブルシューティング2
　方法
　　・RNAを電気泳動した。
　結果

　結論
　　・RNAの分解が原因では無い。

トラブルシューティング3
　方法
　　・リアルタイムPCRのプロトコルを見直した
　結果
　　・dissociationのステップが削除されていた。

トラブルシューティング4
　方法
　　・リアルタイムPCR：dissociationのステップを追加し、Rplp0測定
　結果
　　・Ct値が19-22 cycle
　結論
　　・リアルタイムPCRのプログラムでdissociationが削除された事がトラブルの原因と考えられた。