〇Gene Expression Omnibus データの登録
1. GEOに移動→Download metadata spreadsheet
2. ファイルを開く→Metadataタブ→以下の要領で入力
・title:論文のタイトル
・summary (abstract):論文のAbstract
・experimental design:実験内容
・contributor:著者
・library name:Sample 1など
・title:WAT, flox, rep1など
・organism:Mus musculusなど
・tissue:adipose tissueなど
・molecule:total RNAなど
・single or paired-end:paired-end
・processed data file:全てのサンプルに同じExcelのファイル名、.xlsxを付けてを入力
・extract protocol:RNA抽出方法
・library construction protocol:Library作製方法
・library strategy:RNA-seq
・genome build/assembly:mm10など
・processed data files format and content
・tab-delimited text file includes raw counts for each sample
・tab-delimited text file includes FPKM values for each sample
・PAIRED-END EXPERIMENTS:2つのファイルをセットにして入力
3. raw dataとprocessed dataを一つのフォルダ(geo_submission_RNAseq)にまとめる。
4. FileZillaをインストール→ホスト、ユーザー名、パスワードを入力→クイック接続
5. リモートサイトにpathを入力し、Enter
6. 下段の左窓から右窓にフォルダをドラッグする。
7. metadataをアップロード→Submission release dateを4年後に設定
8. 翌日にGEO accession numberがメールされる。
9. reviewer tokenを取得する。