〇iDEP Pathway解析

1. iDEP 2.01に移動す る。
2. Load Dataタブを以下の様に設定
 ・1. Species:Select→選択→Dismiss
 ・3. Expression matrix:Browse→raw countのtsvファイルを選択→開く
 ・4. Optional:Browse→iDEP用groupのtsvファイルを選択→開く
3. Pre-Processタブを以下の様に設定
 ・Min.CPM, n libraries:Min.CPM以上のCPMが、n libraries以上のサンプル数で認められるものを解析する
4. Clusteringタブに移動
5. PCAタブに移動
6. DEG1タブの、FDR cutoffとMin fold-changeを設定→Submit
7. DEG2タブ→Enrichment→Genes→CSV file→Enrichrで解 析
8. DEG2タブ→Enrichment→以下を選択
 ・GO Biological Process
 ・KEGG
 ・Curated.WikiPathways
9. WikiPathwaysに移動→検索窓にWP番号 を入力