〇iDEP Pathway解析
1. iDEP 2.01に移動す
る。
2. Load Dataタブを以下の様に設定
・1. Species:Select→選択→Dismiss
・3. Expression matrix:Browse→raw countのtsvファイルを選択→開く
・4. Optional:Browse→iDEP用groupのtsvファイルを選択→開く
3. Pre-Processタブを以下の様に設定
・Min.CPM, n libraries:Min.CPM以上のCPMが、n libraries以上のサンプル数で認められるものを解析する
4. Clusteringタブに移動
5. PCAタブに移動
6. DEG1タブの、FDR cutoffとMin fold-changeを設定→Submit
7. DEG2タブ→Enrichment→Genes→CSV file→Enrichrで解
析
8. DEG2タブ→Enrichment→以下を選択
・GO Biological Process
・KEGG
・Curated.WikiPathways
9. WikiPathwaysに移動→検索窓にWP番号
を入力