shRNAのデザイン

1. BLOCK-iT RNAi Designerへ移動する
2. Target Design OptionsでshRNAをクリック
3. Nucleotide sequenceのBoxにノックダウンしたい遺伝子のcds配列をペーストする
4. Choose database for Blastでノックダウンしたい遺伝子の種を選択する
5. RNAi Designをクリック
6. Rankの高い配列のSelectボックスをチェックし、Design shRNA Oligosをクリック
7. Custom Loop SequenceにTTCAAGAGAと入力し、Designをクリック
8. Top Strandの5'のCACCを除き、5'にGATCCCCを、3'にTTTTTAを付加
9. Bottom Strandの5'のAAAAを除き、5'にAGCTTAAAAAを、3'にGGGを付加
10. 64bpになっている事を確認する